Senior Entwickler/Software-Architekt (Unix, C/C++, Java, Perl, Python, Oracle) mit umfangreicher Erfahrung in Biophysik, Medizin und Biotechnologie
Aktualisiert am 02.07.2024
Profil
Freiberufler / Selbstständiger
Remote-Arbeit
Verfügbar ab: 01.08.2024
Verfügbar zu: 100%
davon vor Ort: 100%
C/C++
UNIX/Linux
Algorithmen
Java
Perl
Python
Docker
Oracle
PostgreSQL
SQLite
MySQL
Automatisierung
Signalverarbeitung
Optimierung
Serverprogrammierung
Test
Softwareportierung
Datenintegration
Bioinformatik
Biotechnologie
medizinische Informatik
Massenspektrometrie
Bildgebung
Englisch
Niveau 5/6
Fachenglisch
Niveau 6/6
Französisch
Niveau 1/6
Italienisch
Niveau 2/6
Spanisch
Niveau 3/6

Einsatzorte

Einsatzorte

Deutschland, Österreich, Schweiz
möglich

Projekte

Projekte

2 Jahre 2 Monate
2021-11 - 2023-12

Datenverarbeitung für die Massenspektrometrie

Entwickler Physik Mathematik C++ ...
Entwickler

Entwurf und Implementierung von Algorithmen für die Analyse von Massenspektren.

Visual Studio Atlassian JIRA Git Subversion SQLite Jenkins Maven Bitbucket CMake
Physik Mathematik C++ Perl Algorithmen Signalverarbeitung Stochastik Java Python
Home Office
3 Jahre 2 Monate
2017-06 - 2020-07

Qualitätssicherung / Software-Tests

Softwaretester Jenkins Eclipse Ant ...
Softwaretester
  • Interaktive Softwaretests
  • Analyse von Performanz- und Lasttests
  • Aufbau einer Testautomatisierungsumgebung
  • Durchführung und Analyse von automatischen Tests
  • Code Reviews
Eclipse Ant Ivy Java C/C++ Perl Oracle/SQL Oracle/SQLLoader Selenium Python git Squish JBoss Jenkins Groovy JMeter JUnit Graylog
Jenkins Eclipse Ant Ivy Java C/C++ Perl Oracle/SQL Oracle/SQLLoader Squish Selenium Python git JBoss Groovy JMeter JUnit Graylog
DPMA
München
3 Monate
2018-08 - 2018-10

Beratung für die optische medizinische Bildgebung

Berater
Berater
  • Recherche zum Thema SWIR und multispektrale Bildgebung im Bereich Laparoskopie und minimalinvasive Chirurgie
  • Ermittlung des Standes der Technik
  • Beurteilung des Standes der Technik
  • Entwurf von Experimenten
  • Beratung bei der Durchführung von Forschungsvorhaben
SONY
München / Stuttgart
5 Jahre 6 Monate
2012-02 - 2017-07

Massenspektrometrie / Bioanalytik

Forscher und Entwickler Laufzeit- und Speicheroptimierung Patentrecht Fachenglisch ...
Forscher und Entwickler
  • Entwicklung von Algorithmen und Methoden zur Identifizierung von Proteinen mit Hilfe hochaufgelöster Massenspektrometrie
  • Implementierung von algebraischen Algorithmen in C++
  • Implementierung effizienter Enumerations- und Analysealgorithmen in C und C++
  • Simulationsrechnungen in C und C++
  • Ausarbeitung einer Patentanmeldung
  • Übersetzung von Patentanmeldungen
Linux C/C++ Make LaTeX gimp MS-Word
Laufzeit- und Speicheroptimierung Patentrecht Fachenglisch Algebra Zahlentheorie C/C++
München
6 Jahre 4 Monate
2005-10 - 2012-01

Medizinische Informatik / Labor-EDV

Assistent der Geschäftsführung, Projektleiter, Entwickler Projektleitung Assistenz der Geschäftsführung Verhandlungsführung ...
Assistent der Geschäftsführung, Projektleiter, Entwickler
  • Vorbereitung von Entscheidungen der Geschäftsleitung
  • Verhandlungsführung und Schriftwechsel mit Kunden
  • Assistenz bei der Auswahl neuer Mitarbeiter
  • Erarbeitung von Softwarespezifikationen
  • Koordination von Softwaresprojekten
  • Entwicklung eines Immun-Hämatologie-Subsystems für ein Laborinformationssystem (LIS); Projektleitung für eine Gruppe von fünf Mitarbeiterm, Entwicklungsaufwand mehr als zehn Mannjahre
  • Entwurf der Module und der grafischen Nutzerführung anhand eines terminalbasierten Vorläufersystems unter meiner Leitung in der Arbeitsgruppe; Implementierung der grafischen Oberfläche in Swing sowie einer Web-Oberfläche hauptsächlich durch die Mitarbeiter der Arbeitsgruppe; im Prototypen kamen C++-Server (Client-Server-Kommunikation über CORBA) sowie JDBC zum Einsatz; die C++-Server wurden in der Endversion durch einen Java-Server (Client-Server-Kommunikation über RMI) mit Hibernate-Schnittstelle zu Oracle ersetzt.
  • Datenbankentwurf und Implementierung einschließlich trigger, stored procedures etc. in Oracle unter AIX
  • Aufgrund hoher Sicherheitsanforderungen Implementierung eines datenbankgestützten Protokollsystems für persistente Nutzeraktionen
  • Implementierung von Teilen der Java-Schnittstelle zur Datenbank mit Hilfe von Hibernate
  • Entwicklung einer objektorientierten Kapselung für das Laborinformationssystem (welches in C und Pascal entwickelt wurde) in C++
  • Entwicklung eines performanten Java-Servers, wobei die
  • Kommunikation mit dem Laborinformationssystem über die C++-Kapselung mit Hilfe von JNI und Javolution realisiert wurde; Client-Server-Kommunikation über RMI; Performanztests
  • Weiterentwicklung dieses Servers für weitere Module des Laborinformationssystems, insbesondere Pathologie und Hygiene
  • Installation des neuen Immun-Hämatologie-Subsystems bei Kunden inklusive Datenübernahme mit Hilfe von Oracle SQL-Loader (sqlldr); hierzu Entwicklung geeigneter Datenübernahmeroutinen in C und Perl
  • Präsentation des Immun-Hämatologie-Subsystems auf der MEDICA sowie bei Kunden
  • Grundlegende Überarbeitung des Versionierungs- und Buildprozesses mit Hilfe von CVS, Make, Ant, Perl und Unix Shell-Skripten (firmenweit); Evaluierung von Jenkins
  • Implementierung von Nightly Builds mit automatisierter Fehleranalyse und Berichterstattung mit Hilfe von Unix Shell-Skripten und Perl
  • Grundlegende Überarbeitung des Auslieferungs- und Updateprozesses der Software des Laborinformationssystems mit Hilfe von Perl, Unix Shell-skripten und Make mit deutlicher Steigerung der Zuverlässigkeit und Qualität
  • Durchführung zahlreicher Systemupdates bei Kunden
  • Programmierung von Datenübernahmeroutinen für andere
  • Module (zum Beispiel Mikrobiologie) von Fremdsystemen in C, flex, yacc und Perl sowie Durchführung der Datenübernahmen für Kunden
  • Portierung des Quellcodes des Immun-Hämatologie-Subsystems und großer Teile des Laborinformationssystems von AIX auf Linux
Corba Eclipse CVS Linux AIX Java JNI Javolution JBDC Swing JUnit Hibernate RMI C/C++ Pascal flex yacc SQL Oracle sqlldr PostgreSQL Make Ant XML Jenkins HTML
Projektleitung Assistenz der Geschäftsführung Verhandlungsführung Projektorganisation Build-Prozesse
München
1 Jahr 3 Monate
2004-07 - 2005-09

Massenspektrometrie / Bioanalytik

Entwickler und Berater
Entwickler und Berater
  • Beratung der Analytikabteilung eines schweizer Forschungsinstitutes aus dem Bereich der Molekularbiologie und der Medikamentenforschung
  • Bestandsaufnahme und Anforderungsanalyse
  • Entwurf eines auf die Bedürfnisse angepaßten Workflowsystems
  • Entwicklung eines Prototypen auf Web-Basis (Perl/CGI)
  • Beratung eines Mitarbeiters des Institutes bei der Implementierung des Systems in .NET
  • Installation einer Suchmaschine für Massenspektrometriedaten (Mascot) einschließlich Apache und Oracle auf einem Linux-Server
  • Konfiguration des Mascot-Systems sowie verschiedene Anpassungen und Modifikationen des Mascot-Systems
  • Integration des Mascot-Systems mit einem zweiten Analysesystems (Xcalibur)
  • Realisierung diverser Automatisierungsaufgaben (Analysepipelines)
Linux Oracle SQL Apache Perl DOS Mascot Xcalibur HTML XML
München / Basel
1 Jahr 3 Monate
2003-04 - 2004-06

Massenspektrometrie / Bioanalytik

Entwickler
Entwickler
  • Entwicklung von Methoden und Algorithmen zur Analyse von Proteinen mit Hilfe hochaufgelöster Massenspektrometrie mit Anwendung in Hochdurchsatzverfahren
  • Computergestützte Simulation des Meßprozesses einschließlich Erzeugung synthetischer Meßdaten
  • Überprüfung und Optimierung von Auswertestrategien anhand synthetischer und experimenteller Daten
  • Ausarbeitung einer Patentanmeldung für ein Verfahren zur Analyse von Proteingemischen mit Hilfe kombinatorischer Optimierung (Deutsches Patent DE102004016667B4)
  • Antragsstellung für ein exploratives Projekt im Rahmen des NGFN; in diesem Zusammenhang Kooperationsvereinbarungen mit diversen Forschungseinrichtungen
  • Kooperation mit einem Hersteller von FT-ICR Massenspektrometern
Linux C/C++ Perl LaTeX gnuplot
München
2 Jahre 9 Monate
2000-07 - 2003-03

Bioinformatik

Entwickler und Projektleiter
Entwickler und Projektleiter
  • Beratung von Kunden bei der Auswahl bioinformatischer Methoden
  • Ausarbeitung von Fachkonzepten und Spezifikationen für Softwaremoduke aus den Bereichen Genomanalyse, Expressionsanalyse und Proteomanalyse
  • Mitarbeit bei der Ausarbeitung von Antragstexten für öffentlich geförderte Projekte
  • Entwicklung von Auswerteverfahren anhand von Testdatensätzen in C und Perl
  • Implementierung von Prototypen in C, Perl und Java einschließlich Datenbankschnittstellen (Oracle und MySQL)
  • Grundlegende Überarbeitung des Versionierungs- und Buildprozesses mit Hilfe von CVS, Make, Ant, Perl und Unix Shell-Skripten (firmenweit)
  • Projektleitung für ein Projekt aus dem Bereich Expressionsanalyse (vier Mitarbeiter)
  • Interne Schulung von Molekularbiologen in Linux
Linux C/C++ Perl Oracle MySQL HTML/XML CGI CVS Make Ant gnuplot MS-PowerPoint MS-Word MS-Excel
München
1 Jahr 6 Monate
1999-01 - 2000-06

Kernresonanzbildgebung

Forscher und Entwickler
Forscher und Entwickler
  • Entwicklung eines ultraschnellen Verfahrens der Kernresonanzbildgebung
  • Computergestützte Simulation des Meßprozesses in C
  • Überprüfung und Optimierung des Meßverfahrens anhand der Simulationen
  • Implementierung des Verfahrens auf einem Spektrometer unter Verwendung proprietärer Ansteuerungssoftware
  • Durchführung von Messungen
  • Implementierung von Bildrekonstruktionsalgorithmen in C
  • Implementierung der graphischen Ausgabe und Analyse in C und X11 auf Linux und SGI
  • Datenauswertung, Dokumentation
  • Numerische Berechnungen zu selbstrefokusierenden Hochfrequenzpulsen in C
  • Ausarbeitung einer Patentanmeldung (Deutsches Patent DE000019952965C2)
Linux SGI C Perl X11 LaTeX gnuplot
München
8 Monate
1998-05 - 1998-12

Telekommunikation

Entwickler und Tester
Entwickler und Tester
  • Durchführung von Regressionstests
  • Analyse von Ablaufprotokollen
  • Analyse von Quelltext
  • Analyse der in einer Datenbank abgelegten Ereignisse von Testläufen mit Hilfe von Perl
  • Instrumentierung des Quelltextes und Analyse von Statistik (Quantify), Abdeckung (Purecoverage) und Programmierfehler (Purify) mit Hilfe von Perl anhand der entsprechenden Ausgabedateien
  • Erstellung von Fehlerberichten mit Perl
  • Erstellung von Fehlermeldungen
Solaris C++ Perl Informix Clearcase Quantify Purify Purecoverage
München
7 Monate
1997-10 - 1998-04

Telekommunikation

Entwickler
Entwickler
  • Implementierung eines Parsers in lex zur Extraktion von Informationen aus C++-Quellcode für Spezifikationsdokumente
  • Implementierung eines Softwaremoduls in C++
  • Komponententests für dieses Modul
  • Fehleranalyse einer SmartPointer-Implementierung
  • Anfertigung einer Leistungsmerkmalbeschreibung
  • Bearbeitung von Fehlermeldungen
Solaris C++ Clearcase lex SNiff
München

Aus- und Weiterbildung

Aus- und Weiterbildung

Medizin (Erstes Staatsexamen)

Physik (Diplom)

Physik (Promotion in Biophysik: Kernresonanzbildgebung)

Position

Position

Forschung und Entwicklung

Projektleiter

Assistenz der Geschäftsführung

Kompetenzen

Kompetenzen

Top-Skills

C/C++ UNIX/Linux Algorithmen Java Perl Python Docker Oracle PostgreSQL SQLite MySQL Automatisierung Signalverarbeitung Optimierung Serverprogrammierung Test Softwareportierung Datenintegration Bioinformatik Biotechnologie medizinische Informatik Massenspektrometrie Bildgebung

Schwerpunkte

Algorithmen
Automatisierung
Bioinformatik
Biophysik, Medizin
Build-Prozesse
Datenanalyse
Massenspektrometrie, Bioanalytik
Medizinische Informatik
Medizintechnik
Meßtechnik, Signalverarbeitung
Molekularbiologie, Genetik, Neurowissenschaften
Optimierung
Physik, Mathematik
Qualitätskontrolle
Simulation
Softwaretests

Aufgabenbereiche

Ansteuerung von Meßapparaturen, Meßdatenerfassung
Assistenz der Geschäftsleitung
Ausarbeitung von Patentanmeldungen
Auslieferung und Inbetriebnahme komplexer Systeme
Automatisierung und Qualitätskontrolle
Datenanalyse und Visualisierung, Statistik
Entwicklung numerischer und algebraischer Algorithmen
Entwicklung von Parsern und Compilern, Code-Generierung
Entwurf und Implementierung von Datenbanken einschließlich Schnittstellen
Erstellung von Spezifikationen, Anträgen, Angeboten, Dokumentation
Forschung und Entwicklung
Implementierung von Build-Prozessen
Laufzeit- und Speicheroptimierung, Code-Analyse
Modellierung und Simulation technischer und physikalischer Vorgänge
Patentrecht
Portierung auf Linux
Projektleitung, Koordination
Prozedurale, objektorientierte und skriptbasierte Entwicklung
Schulung
Softwaretests (Komponententests, Regressionstests), Testautomatisierung
Systemnahe Entwicklung unter UNIX
Verhandlungsführung mit Kunden
Web-Programmierung

Produkte / Standards / Erfahrungen / Methoden

Ant
Eclipse
git / CVS / SVN / ClearCase
Graylog
Ivy
jboss
Jenkins
JMeter
JUnit
LaTeX
MS-Word
Oracle/SQLloader
Selenium
Squish

Betriebssysteme

IBM AIX
IRIX
Linux
MS-DOS
Multics
OS/2
SunOS/Solaris
Ultrix
VMS
Windows

Programmiersprachen

C
C++
Fortran
Groovy
HTML
Java
JavaScript
Make
Objective-C
Pascal
Perl
PHP
Python
R
SQL
Unix-Shells

Datenbanken

Informix
MySQL
Oracle
PostgreSQL
SQLite

Hardware

DEC VAXstation
Honeywell
IBM Power Systems
PC (i586/amd64)
Silicon Graphics (SGI Indy)
Sun SPARCstation

Berechnung / Simulation / Versuch / Validierung

Ansteuerung von Meßapparaturen (z.B. Spektrometer, Tomographen)
Automatisierung
Entwicklung numerischer und algebraischer Algorithmen
Entwurf und Durchführung von Experimenten
Laufzeit- und Speicheroptimierung
Literatur- und Patentrecherche
Meßdatenauswertung und Visualisierung
Meßdatenerfassung
Modellierung und Simulation technischer und physikalischer Vorgänge
Softwaretests

Managementerfahrung in Unternehmen

Assistent der Geschäftsführung
(in einem mittelständischen Betrieb)
Projektleiter
(Gruppenstärke bis zu fünf Mitarbeiter)

Personalverantwortung

Projektleiter
(Gruppenstärke bis zu fünf Mitarbeiter)

Branchen

Branchen

Kernresonanzbildgebung, Medizintechnik
Telekommunikation
Bioinformatik, Molekularbiologie, Genetik, Pharmakologie
Medizinische Informatik, Labor-EDV, Labormedizin
Massenspektrometrie, Bioanalytik

Einsatzorte

Einsatzorte

Deutschland, Österreich, Schweiz
möglich

Projekte

Projekte

2 Jahre 2 Monate
2021-11 - 2023-12

Datenverarbeitung für die Massenspektrometrie

Entwickler Physik Mathematik C++ ...
Entwickler

Entwurf und Implementierung von Algorithmen für die Analyse von Massenspektren.

Visual Studio Atlassian JIRA Git Subversion SQLite Jenkins Maven Bitbucket CMake
Physik Mathematik C++ Perl Algorithmen Signalverarbeitung Stochastik Java Python
Home Office
3 Jahre 2 Monate
2017-06 - 2020-07

Qualitätssicherung / Software-Tests

Softwaretester Jenkins Eclipse Ant ...
Softwaretester
  • Interaktive Softwaretests
  • Analyse von Performanz- und Lasttests
  • Aufbau einer Testautomatisierungsumgebung
  • Durchführung und Analyse von automatischen Tests
  • Code Reviews
Eclipse Ant Ivy Java C/C++ Perl Oracle/SQL Oracle/SQLLoader Selenium Python git Squish JBoss Jenkins Groovy JMeter JUnit Graylog
Jenkins Eclipse Ant Ivy Java C/C++ Perl Oracle/SQL Oracle/SQLLoader Squish Selenium Python git JBoss Groovy JMeter JUnit Graylog
DPMA
München
3 Monate
2018-08 - 2018-10

Beratung für die optische medizinische Bildgebung

Berater
Berater
  • Recherche zum Thema SWIR und multispektrale Bildgebung im Bereich Laparoskopie und minimalinvasive Chirurgie
  • Ermittlung des Standes der Technik
  • Beurteilung des Standes der Technik
  • Entwurf von Experimenten
  • Beratung bei der Durchführung von Forschungsvorhaben
SONY
München / Stuttgart
5 Jahre 6 Monate
2012-02 - 2017-07

Massenspektrometrie / Bioanalytik

Forscher und Entwickler Laufzeit- und Speicheroptimierung Patentrecht Fachenglisch ...
Forscher und Entwickler
  • Entwicklung von Algorithmen und Methoden zur Identifizierung von Proteinen mit Hilfe hochaufgelöster Massenspektrometrie
  • Implementierung von algebraischen Algorithmen in C++
  • Implementierung effizienter Enumerations- und Analysealgorithmen in C und C++
  • Simulationsrechnungen in C und C++
  • Ausarbeitung einer Patentanmeldung
  • Übersetzung von Patentanmeldungen
Linux C/C++ Make LaTeX gimp MS-Word
Laufzeit- und Speicheroptimierung Patentrecht Fachenglisch Algebra Zahlentheorie C/C++
München
6 Jahre 4 Monate
2005-10 - 2012-01

Medizinische Informatik / Labor-EDV

Assistent der Geschäftsführung, Projektleiter, Entwickler Projektleitung Assistenz der Geschäftsführung Verhandlungsführung ...
Assistent der Geschäftsführung, Projektleiter, Entwickler
  • Vorbereitung von Entscheidungen der Geschäftsleitung
  • Verhandlungsführung und Schriftwechsel mit Kunden
  • Assistenz bei der Auswahl neuer Mitarbeiter
  • Erarbeitung von Softwarespezifikationen
  • Koordination von Softwaresprojekten
  • Entwicklung eines Immun-Hämatologie-Subsystems für ein Laborinformationssystem (LIS); Projektleitung für eine Gruppe von fünf Mitarbeiterm, Entwicklungsaufwand mehr als zehn Mannjahre
  • Entwurf der Module und der grafischen Nutzerführung anhand eines terminalbasierten Vorläufersystems unter meiner Leitung in der Arbeitsgruppe; Implementierung der grafischen Oberfläche in Swing sowie einer Web-Oberfläche hauptsächlich durch die Mitarbeiter der Arbeitsgruppe; im Prototypen kamen C++-Server (Client-Server-Kommunikation über CORBA) sowie JDBC zum Einsatz; die C++-Server wurden in der Endversion durch einen Java-Server (Client-Server-Kommunikation über RMI) mit Hibernate-Schnittstelle zu Oracle ersetzt.
  • Datenbankentwurf und Implementierung einschließlich trigger, stored procedures etc. in Oracle unter AIX
  • Aufgrund hoher Sicherheitsanforderungen Implementierung eines datenbankgestützten Protokollsystems für persistente Nutzeraktionen
  • Implementierung von Teilen der Java-Schnittstelle zur Datenbank mit Hilfe von Hibernate
  • Entwicklung einer objektorientierten Kapselung für das Laborinformationssystem (welches in C und Pascal entwickelt wurde) in C++
  • Entwicklung eines performanten Java-Servers, wobei die
  • Kommunikation mit dem Laborinformationssystem über die C++-Kapselung mit Hilfe von JNI und Javolution realisiert wurde; Client-Server-Kommunikation über RMI; Performanztests
  • Weiterentwicklung dieses Servers für weitere Module des Laborinformationssystems, insbesondere Pathologie und Hygiene
  • Installation des neuen Immun-Hämatologie-Subsystems bei Kunden inklusive Datenübernahme mit Hilfe von Oracle SQL-Loader (sqlldr); hierzu Entwicklung geeigneter Datenübernahmeroutinen in C und Perl
  • Präsentation des Immun-Hämatologie-Subsystems auf der MEDICA sowie bei Kunden
  • Grundlegende Überarbeitung des Versionierungs- und Buildprozesses mit Hilfe von CVS, Make, Ant, Perl und Unix Shell-Skripten (firmenweit); Evaluierung von Jenkins
  • Implementierung von Nightly Builds mit automatisierter Fehleranalyse und Berichterstattung mit Hilfe von Unix Shell-Skripten und Perl
  • Grundlegende Überarbeitung des Auslieferungs- und Updateprozesses der Software des Laborinformationssystems mit Hilfe von Perl, Unix Shell-skripten und Make mit deutlicher Steigerung der Zuverlässigkeit und Qualität
  • Durchführung zahlreicher Systemupdates bei Kunden
  • Programmierung von Datenübernahmeroutinen für andere
  • Module (zum Beispiel Mikrobiologie) von Fremdsystemen in C, flex, yacc und Perl sowie Durchführung der Datenübernahmen für Kunden
  • Portierung des Quellcodes des Immun-Hämatologie-Subsystems und großer Teile des Laborinformationssystems von AIX auf Linux
Corba Eclipse CVS Linux AIX Java JNI Javolution JBDC Swing JUnit Hibernate RMI C/C++ Pascal flex yacc SQL Oracle sqlldr PostgreSQL Make Ant XML Jenkins HTML
Projektleitung Assistenz der Geschäftsführung Verhandlungsführung Projektorganisation Build-Prozesse
München
1 Jahr 3 Monate
2004-07 - 2005-09

Massenspektrometrie / Bioanalytik

Entwickler und Berater
Entwickler und Berater
  • Beratung der Analytikabteilung eines schweizer Forschungsinstitutes aus dem Bereich der Molekularbiologie und der Medikamentenforschung
  • Bestandsaufnahme und Anforderungsanalyse
  • Entwurf eines auf die Bedürfnisse angepaßten Workflowsystems
  • Entwicklung eines Prototypen auf Web-Basis (Perl/CGI)
  • Beratung eines Mitarbeiters des Institutes bei der Implementierung des Systems in .NET
  • Installation einer Suchmaschine für Massenspektrometriedaten (Mascot) einschließlich Apache und Oracle auf einem Linux-Server
  • Konfiguration des Mascot-Systems sowie verschiedene Anpassungen und Modifikationen des Mascot-Systems
  • Integration des Mascot-Systems mit einem zweiten Analysesystems (Xcalibur)
  • Realisierung diverser Automatisierungsaufgaben (Analysepipelines)
Linux Oracle SQL Apache Perl DOS Mascot Xcalibur HTML XML
München / Basel
1 Jahr 3 Monate
2003-04 - 2004-06

Massenspektrometrie / Bioanalytik

Entwickler
Entwickler
  • Entwicklung von Methoden und Algorithmen zur Analyse von Proteinen mit Hilfe hochaufgelöster Massenspektrometrie mit Anwendung in Hochdurchsatzverfahren
  • Computergestützte Simulation des Meßprozesses einschließlich Erzeugung synthetischer Meßdaten
  • Überprüfung und Optimierung von Auswertestrategien anhand synthetischer und experimenteller Daten
  • Ausarbeitung einer Patentanmeldung für ein Verfahren zur Analyse von Proteingemischen mit Hilfe kombinatorischer Optimierung (Deutsches Patent DE102004016667B4)
  • Antragsstellung für ein exploratives Projekt im Rahmen des NGFN; in diesem Zusammenhang Kooperationsvereinbarungen mit diversen Forschungseinrichtungen
  • Kooperation mit einem Hersteller von FT-ICR Massenspektrometern
Linux C/C++ Perl LaTeX gnuplot
München
2 Jahre 9 Monate
2000-07 - 2003-03

Bioinformatik

Entwickler und Projektleiter
Entwickler und Projektleiter
  • Beratung von Kunden bei der Auswahl bioinformatischer Methoden
  • Ausarbeitung von Fachkonzepten und Spezifikationen für Softwaremoduke aus den Bereichen Genomanalyse, Expressionsanalyse und Proteomanalyse
  • Mitarbeit bei der Ausarbeitung von Antragstexten für öffentlich geförderte Projekte
  • Entwicklung von Auswerteverfahren anhand von Testdatensätzen in C und Perl
  • Implementierung von Prototypen in C, Perl und Java einschließlich Datenbankschnittstellen (Oracle und MySQL)
  • Grundlegende Überarbeitung des Versionierungs- und Buildprozesses mit Hilfe von CVS, Make, Ant, Perl und Unix Shell-Skripten (firmenweit)
  • Projektleitung für ein Projekt aus dem Bereich Expressionsanalyse (vier Mitarbeiter)
  • Interne Schulung von Molekularbiologen in Linux
Linux C/C++ Perl Oracle MySQL HTML/XML CGI CVS Make Ant gnuplot MS-PowerPoint MS-Word MS-Excel
München
1 Jahr 6 Monate
1999-01 - 2000-06

Kernresonanzbildgebung

Forscher und Entwickler
Forscher und Entwickler
  • Entwicklung eines ultraschnellen Verfahrens der Kernresonanzbildgebung
  • Computergestützte Simulation des Meßprozesses in C
  • Überprüfung und Optimierung des Meßverfahrens anhand der Simulationen
  • Implementierung des Verfahrens auf einem Spektrometer unter Verwendung proprietärer Ansteuerungssoftware
  • Durchführung von Messungen
  • Implementierung von Bildrekonstruktionsalgorithmen in C
  • Implementierung der graphischen Ausgabe und Analyse in C und X11 auf Linux und SGI
  • Datenauswertung, Dokumentation
  • Numerische Berechnungen zu selbstrefokusierenden Hochfrequenzpulsen in C
  • Ausarbeitung einer Patentanmeldung (Deutsches Patent DE000019952965C2)
Linux SGI C Perl X11 LaTeX gnuplot
München
8 Monate
1998-05 - 1998-12

Telekommunikation

Entwickler und Tester
Entwickler und Tester
  • Durchführung von Regressionstests
  • Analyse von Ablaufprotokollen
  • Analyse von Quelltext
  • Analyse der in einer Datenbank abgelegten Ereignisse von Testläufen mit Hilfe von Perl
  • Instrumentierung des Quelltextes und Analyse von Statistik (Quantify), Abdeckung (Purecoverage) und Programmierfehler (Purify) mit Hilfe von Perl anhand der entsprechenden Ausgabedateien
  • Erstellung von Fehlerberichten mit Perl
  • Erstellung von Fehlermeldungen
Solaris C++ Perl Informix Clearcase Quantify Purify Purecoverage
München
7 Monate
1997-10 - 1998-04

Telekommunikation

Entwickler
Entwickler
  • Implementierung eines Parsers in lex zur Extraktion von Informationen aus C++-Quellcode für Spezifikationsdokumente
  • Implementierung eines Softwaremoduls in C++
  • Komponententests für dieses Modul
  • Fehleranalyse einer SmartPointer-Implementierung
  • Anfertigung einer Leistungsmerkmalbeschreibung
  • Bearbeitung von Fehlermeldungen
Solaris C++ Clearcase lex SNiff
München

Aus- und Weiterbildung

Aus- und Weiterbildung

Medizin (Erstes Staatsexamen)

Physik (Diplom)

Physik (Promotion in Biophysik: Kernresonanzbildgebung)

Position

Position

Forschung und Entwicklung

Projektleiter

Assistenz der Geschäftsführung

Kompetenzen

Kompetenzen

Top-Skills

C/C++ UNIX/Linux Algorithmen Java Perl Python Docker Oracle PostgreSQL SQLite MySQL Automatisierung Signalverarbeitung Optimierung Serverprogrammierung Test Softwareportierung Datenintegration Bioinformatik Biotechnologie medizinische Informatik Massenspektrometrie Bildgebung

Schwerpunkte

Algorithmen
Automatisierung
Bioinformatik
Biophysik, Medizin
Build-Prozesse
Datenanalyse
Massenspektrometrie, Bioanalytik
Medizinische Informatik
Medizintechnik
Meßtechnik, Signalverarbeitung
Molekularbiologie, Genetik, Neurowissenschaften
Optimierung
Physik, Mathematik
Qualitätskontrolle
Simulation
Softwaretests

Aufgabenbereiche

Ansteuerung von Meßapparaturen, Meßdatenerfassung
Assistenz der Geschäftsleitung
Ausarbeitung von Patentanmeldungen
Auslieferung und Inbetriebnahme komplexer Systeme
Automatisierung und Qualitätskontrolle
Datenanalyse und Visualisierung, Statistik
Entwicklung numerischer und algebraischer Algorithmen
Entwicklung von Parsern und Compilern, Code-Generierung
Entwurf und Implementierung von Datenbanken einschließlich Schnittstellen
Erstellung von Spezifikationen, Anträgen, Angeboten, Dokumentation
Forschung und Entwicklung
Implementierung von Build-Prozessen
Laufzeit- und Speicheroptimierung, Code-Analyse
Modellierung und Simulation technischer und physikalischer Vorgänge
Patentrecht
Portierung auf Linux
Projektleitung, Koordination
Prozedurale, objektorientierte und skriptbasierte Entwicklung
Schulung
Softwaretests (Komponententests, Regressionstests), Testautomatisierung
Systemnahe Entwicklung unter UNIX
Verhandlungsführung mit Kunden
Web-Programmierung

Produkte / Standards / Erfahrungen / Methoden

Ant
Eclipse
git / CVS / SVN / ClearCase
Graylog
Ivy
jboss
Jenkins
JMeter
JUnit
LaTeX
MS-Word
Oracle/SQLloader
Selenium
Squish

Betriebssysteme

IBM AIX
IRIX
Linux
MS-DOS
Multics
OS/2
SunOS/Solaris
Ultrix
VMS
Windows

Programmiersprachen

C
C++
Fortran
Groovy
HTML
Java
JavaScript
Make
Objective-C
Pascal
Perl
PHP
Python
R
SQL
Unix-Shells

Datenbanken

Informix
MySQL
Oracle
PostgreSQL
SQLite

Hardware

DEC VAXstation
Honeywell
IBM Power Systems
PC (i586/amd64)
Silicon Graphics (SGI Indy)
Sun SPARCstation

Berechnung / Simulation / Versuch / Validierung

Ansteuerung von Meßapparaturen (z.B. Spektrometer, Tomographen)
Automatisierung
Entwicklung numerischer und algebraischer Algorithmen
Entwurf und Durchführung von Experimenten
Laufzeit- und Speicheroptimierung
Literatur- und Patentrecherche
Meßdatenauswertung und Visualisierung
Meßdatenerfassung
Modellierung und Simulation technischer und physikalischer Vorgänge
Softwaretests

Managementerfahrung in Unternehmen

Assistent der Geschäftsführung
(in einem mittelständischen Betrieb)
Projektleiter
(Gruppenstärke bis zu fünf Mitarbeiter)

Personalverantwortung

Projektleiter
(Gruppenstärke bis zu fünf Mitarbeiter)

Branchen

Branchen

Kernresonanzbildgebung, Medizintechnik
Telekommunikation
Bioinformatik, Molekularbiologie, Genetik, Pharmakologie
Medizinische Informatik, Labor-EDV, Labormedizin
Massenspektrometrie, Bioanalytik

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